Un coronavirus transmis via le chien découvert chez des patients malaisiens

Lorsque la pandémie de Covid-19 s'est répandue, le professeur Gregory Gray, de l'université américaine de Duke, a chargé l'un de ses étudiants de développer un test capable de détecter de multiples coronavirus, y compris ceux jusqu'ici inconnus, afin d'aider à éviter la prochaine catastrophe.

En déployant cet outil, une fois sa fiabilité démontrée, l'idée était de pouvoir analyser des échantillons prélevés chez des patients, en quête de signes de nouveaux coronavirus ayant pu commencer à faire le saut depuis un animal jusqu'à l'homme.

Les recherches du professeur et de ses collègues, publiées jeudi, ont conduit à la découverte d'un nouveau coronavirus chez un groupe de personnes, notamment des enfants, ayant été admises à l'hôpital pour pneumonie en Malaisie entre 2017 et 2018. Et ce virus a vraisemblablement été transmis via un animal qui a surpris les scientifiques: le chien. 

Ils n'ont pour le moment pas pu déterminer avec certitude si ce coronavirus canin avait bien causé la pneumonie, ou s'il était seulement présent chez des patients malades par ailleurs.

De plus, il est peu probable, au regard de ses caractéristiques génétiques, qu'il soit actuellement en train de circuler d'humain à humain. 

Malgré tout, "ce que nous promouvons (...) c'est plus de diagnostics pour surveiller cinq familles virales différentes, dont nous pensons qu'elles sont les plus problématiques et susceptibles de déclencher des épidémies", explique à l'AFP Gregory Gray.

Les coronavirus n'ont pas été étudiés durant de nombreuses années car ils étaient surtout associés à des rhumes classiques. 

Cela a changé après l'apparition du SRAS (Syndrome respiratoire aigu sévère) et MERS (Syndrome respiratoire du Moyen-Orient) en 2002 et 2012, dont l'hôte intermédiaire étaient respectivement la civette et le dromadaire. 

La plupart des chercheurs pensent également que le SARS-CoV-2, le virus causant la maladie Covid-19, a une origine animale.

"Rater le train"

Lishan Xiu, étudiant chinois à Duke, a ainsi développé un test universel pour détecter les coronavirus, en recherchant les points communs entre les différents membres de cette famille de virus. 

Le test a ensuite été utilisé sur 301 prélèvements de patients en Malaisie, dont huit se sont révélés présenter le virus canin.

Pour confirmer cet étonnant résultat, la virologue Anastasia Vlasova, de l'université d'Etat de l'Ohio, a séquencé son génome. 

L'origine canine du virus, baptisé CCoV-HuPn-2018, a été confirmée, tout en présentant également des composantes caractéristiques d'un passage chez le chat et le cochon. 

Certaines mutations étaient également cohérentes avec une possible adaptation qui permettrait la transmission d'homme à homme, mais impossible de dire combien de temps cette évolution prendra -- peut-être des décennies, peut-être cela n'arrivera-t-il jamais, selon Gregory Gray.

Tous les patients sont rentrés chez eux guéris. 

"Mais être admis (à l'hôpital) pour pneumonie veut en général dire que vous êtes assez malade, les médecins s'inquiètent pour vous", remarque le professeur. 

Le fait que son équipe ait été capable de détecter ce virus chez les humains grâce à une petite étude pilote montre selon lui qu'il existe un problème: "on est en train de rater le train", estime-t-il. 

"Si on accroît la surveillance des personnes travaillant auprès de cochons, de volailles, du bétail, on sera impressionné par ce à quoi leur système immunitaire est confronté", prédit-il. "Cela ne veut pas dire que la prochaine pandémie se déclenchera chez eux, mais cela serait intéressant à étudier." 

Agence France-Presse